一个项目开发的系统需要满足不同客户不同要求，如何管理项目？

公司开发了一套系统，包含许多功能，其中有一些基础功能是所有客户都需要的，但是不同客户都有不同的需求，需要增删不同的功能，并且系统还需要部署在客户的服务器上。请教大佬，应该怎样组织项目，来实现上述要求？可否从打包那里入手，让每个客户的打包产物都不同？

补充：希望不通过数据库和权限来控制菜单的显隐，给客户的代码不包含不相关的功能……